荒涼とした山の上でフランチェスコ(ミッキー・ローク)のことを、彼の最大の崇拝者であるキアラ(ヘレナ・ボナム・カーター)と弟子たちは回想し始める。フランチェスコはペルジアとの戦いで捕虜になり、屈辱を味わい、戦争の愚かさを知る。そこで会った死刑囚からイエス・キリストの福音書を手渡される。今までの裕福な生活に甘えて生きてきたことを恥じ、両親と別れ、難民たちの中で暮す。彼はそこのハンセン病療養所で私財を投げうって奉仕活動をしながら、聖ダミアーノ教会で布教活動を進める。彼の行動は上流階級の人々を戸惑わせたが、中には共感する者も現れる。こうして彼の運動は広がっていくが、衝突も起き、異端扱いされるようにもなった。フランチェスコはこの行動を続けるために、ローマ法王に会いに行く。初めのうちは冷やかだった法王も、運動の大きさに無視できなくなる。しかし、修道会の中にはフランチェスコに疑問を持ち、彼を非難する者もいる。悩んだフランチェスコは山にこもり、本物の悟りを神に請う。そして、ある時突然、彼の体には、キリストがゴルゴダの丘で処刑された時に受けた傷と同じものが現れる。彼は天を仰ぎ神に感謝する。