正直者の木コリ・ジョナサン（Ｂ・マイル）とアナ（Ｊ・マシューズ）の夫婦は、小鳥やけもの達のために森のかしの木を伐らないことを約束して、森の女王から3つの願いごとをかなえてやるといわれた。ソーセージが食べたいといってジョナサンが願いごとの1つを使ってしまい、怒ったアナがソーネージなどあなたの鼻の頭にくっついてしまえばいいといって2つめの願いを無駄にしてしまってから、夫婦は、親指くらいの大きさでもいいから子供がほしいと願いをかけた。願いはその夜のうちにかなえられて、小さな息子トム（ラス・タンブリン）が2人にさずけられた。父につれられて森に行ったトムは、そこでよからぬ2人組の男アイバンとトニーに会った。村の宝の塔から金貨を盗もうとしていた2人組は、小さいトムを見て手助けさせようとしたが、父のジョナサンに断られた。その日の午後、トムは笛の上手な若者ウディと仲よくなった。翌日ウディといっしょにお祭に出かけたトムはうっかりゴム風船に空高くつれ上げられ、宝の塔の上で金貨を盗もうとしているアイバンとトニイに見つけられた。だまされてトムは盗みの手伝いをさせられ、お礼に金貨を1枚もらった。トムはこの金貨をパンだねの中に隠したが、金貨泥棒を探している兵隊がそのパンを食べて金貨を発見したことから、父と母は捕らえられてしまった。トムと笛吹きウディは、荒れ果てた城でアイバンとトニーを見つけ、ウディはロバで2人の後を追った。トムは秘かに2人の乗っている馬の耳の中にかくれていた。耳の中で命令するトムの声で馬は2人をのせて村の広場に向かった。金貨を盗んだ罪でムチ打たれようとしていたジョナサンとアナの前で、馬は2人の泥棒と金貨の包みをふり落としてとまった。無罪が証明され、トム一家は再び幸福になった。