一九六五年、ギリシャのキクラーデス諸島で八歳のジャックはエンゾと出会った。そこで二人は初めて潜りを競うが、翌日、ダイバーであるジャックの父の死を目撃し、大きな衝撃を受ける。一二年後の一九八七年、いまや一流ダイバーとなったエンゾ(ジャン・レノ)は、稼いだ金をつぎ込んでジャック(ジャン・マルク・バール)の行方を探していた。ジャックとダイビング選手権に出場して勝利すること、それがエンゾの夢だったのだ。一方ジャックは水族館のイルカだけを友として静かに暮らしていた。そんなジャックと出会ったニューヨーク生れのジョアンナ(ロザンナ・アークェット)は、彼の不思議な雰囲気にひかれていく。やがてエンゾはジャックをシチリアの競技会に連れ出すが、そこでのダイビングでジャックに敗れてしまう。ジャックへの対抗心に燃えるエンゾは、無謀なダイビングに挑み、命を落としてしまう。その魂にひかれるかのように、ジャックもまた大海原に一人乗りだしていく。彼を愛し、彼の子を宿したジョアンナを残して。やがて、人間の限界を超える深海に達したジャックの目の前に一匹のイルカが現われ、彼を底知れぬ深淵へと連れ去っていくのだった。