第一次世界大戦のまっただ中の一九一六年。北大西洋を航海中だった連合軍の輸送船がドイツの潜水艦Ｕボートに撃沈された。辛じて助かったボウェン・タイラー（ダク・マックルアー）、女性生物学者リザ・クレイトン（スーザン・ペンハリゴン）を始めとする六人は、突然浮上してきたＵボートを乗っとることにした。ボウェンたちは銃を片手にＵボートにとび移り、ハッチが開かれるのを待った。やがて艦内で大乱闘が始まり、フォン・ショーンフォルツ（ジョン・マッケナリー）以下の乗組員を人質にした。Ｕボートはボウェンの指揮下に入り、中立港に向かって始動を始めた。数日後、Ｕボートの周辺で不思議なことが起こり始めた。中立港へ向かっている筈なのに、いつしか流氷群にとりかこまれ、一行の前に霧になびく神秘的な島が突然現われたのだ。“カプローナだ。二百年前に発見された忘れ去られた島だ”とショーンフォルツが叫んだ。Ｕボートは狭い地下水路をくぐり抜け、島の内海に出た。驚くべきことに、島はうっそうとした緑につつまれ、息をのむような美しさだ。だが、そう思ったのも束の間、内海から体長四、五メートルもある蛇頚竜そっくりの怪物が現われ、ドイツ兵一人を噛みくだき水面下に没した。信じられないことだが、ここには、太古の恐竜が棲息しているのだ。いつしか周囲には奇怪な恐竜が徘徊し始めていた。その夜、ボウェンとショーンフォルツはこの島から脱出するため協力し合うことを約束した。ショーンフォルツがドイツ兵を指揮、航海士のブラッドリー（キース・バロン）が連合国側の人間を掌握して、ボウェンが一行の指揮をすることになった。翌日からキャンプを設営し、食料と水を求めて島の奥に入った。翼竜や大トカゲと戦わなければならないのはもちろんだが、さらに人間らしい姿をした猿人も相手にしなければならなかった。捕虜にした猿人が言葉をもっているのを発見したのはリザだった。その猿人はボールー族の一人で名をムーアといい、彼の手引きで一行はさらに島の奥へと進んだ。ムーアが原油の存在を教えてくれたとき、一同は驚喜した。原油を精製すればＵボートを動かし、文明圏へ帰れるのだ。ある日、ボウェン、リザと数人の男たちが探険の途中、猿人に襲われた。一行は次々に倒され、リザがさらわれた。その時、地軸をゆるがすような地震が始まり、噴火口から熔岩が噴出した。ボウェンは灼熱の熔岩の流れをぬってリザを救出した。だがその頃、必要量の原油精製を終ったＵボートの一行はボウェンの帰りを待ちきれず、Ｕボートをスタートさせた。だが熔岩の熱とガスでＵボートは身動きがとれなくなり内海に没した。生き残ったのはボウェンとリザだけだ。文明社会への復帰の希望を絶たれた二人は、新しい生活を求めて、島の奥地へとわけ入っていくのだった。