浮浪者ベイル（スティーブン・ラック）が、あるハンバーガー・ショップで食べ残しをあさっている時、一人の女が彼を見て悪口を言った。そんな彼女の態度にベイルが怒りを感じた瞬間、彼女は急に苦しみ出し、床の上でもがき出した。それを目撃したのがコンセックのエージェント。コンセックとは、超能力を持つスチャナーたちを集めＶＩＰ事門のボディ・ガードに育成しようとする巨大な警備保障会社なのだ。その頃、コンセックの会議室では、スキャナーによる超能力実験が行なわれ、特に能力の強い男、レボック（マイケル・アイアンサイド）が相手の頭蓋を破壊させるという出来事が起きた。彼は、実は地下組織のリーダーでその能力を利用して世界征服を企んでいる男だった。さらに、レボックをコンセック本部へ護送する途中、数人のエージェントが、彼に心をコントロールされ自殺してゆく。何くわぬ顔でその場を立ちさるレボック。一方、ベイルは、ルース博士（パトリック・マクゴーハン）に能力を見出され、さらにパワーに磨きをかけレボックに挑戦すべく出発する。行く先々でレボックによる惨事の残骸を目撃するベイルはなかなか捜査の手がかりがつかめず苛立つが、そんなころ、美しい女性スキャナー、キム（ジェニファー・オニール）と出会い、彼女が組む数名のスキャナー・チームの協力を得ようとするが、ここでもレボックの魔の手がまわった。レボックの指示で送られた刺客により、次々に仲間のスキャナーを失ったベイルとキムは、あるレコード店の地下室に逃げるが、そこでベイルのスキャナーパワーが刺客の心をとらえ、逆にレボックの居所をつきとめた。レボックが世界征服を企む根拠地は生化学研究所だった。コンピューターで管理されたその工場に乗りこんだ後、ベイルは、意外な事実を知ってゆく。ルース博士は謎の薬品エファメロルを発明しそれを妻に飲ませたことから生まれた子供二人がスキャナーの能力を身につけた。それがレボックとベイル。つまり二人は兄弟だったのだ。自分の力を知っているレボックは世界征服を狙うため、その薬を利用してスキャナーを養い部下にした。今度は弟であるベイルも自分の手下にしようと考えたのだが、その話をきっぱりことわるベイル。遂に二人のスキャナー・パワーの対決が開始する。激闘の末、ベイルの肉体が焦げ、レボックがうち勝ったように見えた。しかし、それはレボックの肉体をのっとったベイルなのであった。