エルファバ(シンシア・エリヴォ)とグリンダ(アリアナ・グランデ)はオズの国に隠された真実を知り、それぞれの道を歩み始める。エルファバは“悪い魔女”として悪名を着せられ民衆の敵となるが、言葉を奪われた動物たちの自由のための戦いを続ける。一方“善い魔女”となったグリンダは希望の象徴として名声と人気を得るが、エルファバとの決別が彼女の心に暗い影を落としていた。和解しようとするが、ふたりの溝は一層深まっていく。さらに、突如現れた“カンザスから来た少女”によって、オズの国は大きく揺れ動く。世界の雲行きが怪しくなるなか、エルファバとグリンダは自分自身と世界を永遠に変えるため、再び向き合うことになるが……。