遥か昔、人類は地上の生息域減少により地下開発を進めた。その労働力として人間に似せた人工生命体のマリガンを創造。しかしマリガンは自らのクローンを増やして勢力を広め、人類に反乱を起こした。その第3次停戦協定から230年後、人類は地上に留まり、マリガンは地球規模に広がった地下世界を支配していた。だがある日、地下世界に異変が起き、人間とマリガンによる調査チームが結成される。女性隊長トリス率いる人間チームとクローンのオリジナルであるダンテ率いるマリガンチームは、地下都市カープバールを目指す。そんななか、調査チームがマリガンのカルト教団「ギュラ教」に襲撃されてしまう。彼らの標的は希少種とされる人間の女性＝トリス。しかし、トリスにはロボットのロビンが護衛として帯同していた。「ギュラ教」とにらみ合いながら調査を進めるが、圧倒的な戦力の差に苦戦を強いられる調査チーム。その激しい攻防の中で彼らは次元の＜歪み＞を発見する。ロビンはトリスを守るために次元を超えた作戦を計画するが……。地下世界に隠された謎と異変の正体とは？ そして次元を超えた戦いの末にロビンが下す決断とは？