世界最大級の天然ガスプラント“レガリア”爆発事故から2年。仙崎大輔（伊藤英明）は自ら志願し、海難救助のエキスパートであり最も危険な事案に従事する“特殊救難隊”で、後輩の吉岡（佐藤隆太）と共に海難救助の最前線にいた。嶋副隊長（伊原剛志）の指導の下、日々苛烈な任務をこなしながらも、充実した日々が過ぎてゆく。大輔の妻・環菜（加藤あい）は2人目の子どもを身籠り、吉岡にはキャビンアテンダントの美香（仲里依紗）という恋人が出来ていた。そんなある日、羽田空港に向けて飛行中のジャンボ旅客機のエンジンが炎上する事故が発生。飛行困難な状況に陥った旅客機の救助方法が検討される中で、総合対策室の下川救難課長（時任三郎）は、夕闇が迫り視界が悪くなる状況にもかかわらず、前代未聞の東京湾への着水を提案する。しかし、海上着水に成功したとしてもジャンボが浮いていられる時間はわずか20分。機体が沈む前に乗客乗員346名全員を助け出す事が出来るのか！？さらに、その飛行機には美香も乗務していた。特救隊や現場に駆け付けた第5管区の服部（三浦翔平）、警察、消防、現場周辺の関係機関を巻き込んだ空前の大救出計画。日本中が固唾を飲んでその行方を見守る中、旅客機の村松機長（平山浩行）は東京湾着水に向けて降下を開始する……。その先には、予想もしない事態が仙崎たちを待ち受けていた……。