ピッツバーグに住むヘア・ドレッサーのフランキー・ペイジ(パトリシア・アークェット)は突然、キリストが受けた傷と同じ場所から出血する“聖痕”現象に見舞われた。バチカンの科学者、アンドリュー神父(ガブリエル・バーン)は無神論者のフランキーの傷を聖痕とは無関係と判断するが、彼女に起こる現象はひどくなるばかり。やがてフランキーは他人の言葉で話し、壁に不思議な文字を書き始める。それこそはキリストが直接弟子に語った世界で唯一の言葉だったのだ。現在の教会に都合の悪い部分のあるその言葉の存在を隠そうとするバチカンとアンドリュー神父は対立。かくして、神父は自分の立場を捨て、命がけでフランキーを救おうとするのだった。