厳柳島に佐々木小次郎を斃した宮本武蔵は、仕官を勧める長岡佐渡を振り切って再び修業の旅に出た。小次郎の妾おりんは用人鴨甚内と仇討を決意するが、武蔵を討つには飛び道具以外はなく、短筒を手に入れるため、長崎に向った。甚内は九州の剣豪たちを煽動して武蔵を亡き者にしようと謀るが、宝蔵院流の高田又兵衛は槍を千段巻から斬られ、霞道場の強豪たちも敗れ去り、おりんの短筒の師で、洋剣を巧みに使う菱屋十兵衛も武蔵の敵ではなかった。唯ひとり、雷電源太郎だけは、武蔵の必殺剣を見事に受けとめた。上泉伊勢守の四天王、丸目蔵人直伝の二刀流ときいて、武蔵の瞳が輝いた。一方、武蔵を慕う幼馴染お孝が長岡佐渡の屋敷を訪れると、佐渡の娘悠子は武蔵への恋を諦め、女中お松をつけてお孝を送り出すのであった。この二人が熊本の在で悪浪人に襲われたのを救ったのは、琵琶法師の森都と木村又蔵で、発病したお孝は本妙寺で静養することになった。その頃、城外の雲巌寺で激しい修業を続ける武蔵は、若い娘を追う覆面の武士大河原平蔵一味に出逢った。そこへ駈けつけた森都は大河原を見るや、息子の仇と名乗りをあげるが、奸智に長けた大河原は加藤家に仕える身ゆえ、道を踏んで仇討を願い出るようにいって去った。大河原は城内家老加藤美作の弱点を握っているのにつけ込み、美作から木村又蔵に武蔵を討つように命じさせた。だが、美作は大河原一味を絶滅させる好機とばかり、又蔵に大河原を討てと内命した。武蔵が森都、木村らと大河原を討ち取って本妙寺へ着いたとき、お孝は亡骸になっていた。おりんは林の中で武蔵に銃口を向けたが射てなかった。武蔵は両刀を提げたまま、夜霧の中に消えて行く。