桐生戦兎が創った新世界では、人体実験を受けた者にだけ旧世界の記憶が蘇っていた。そして、記憶が蘇った者の中には、新世界を『科学の力＝兵器』によって支配しようと企む者が現れた。テロリスト集団“ダウンフォール”は、ライダーシステムを採用した政府官邸を急襲。政府高官の氷室幻徳（水上剣星）は、仮面ライダーへの変身を封じる不思議な力を操る敵に一方的にやられてしまう。その魔の手は戦兎（犬飼貴丈）、万丈（赤楚衛二）、そして一海（武田航平）のファームにまで及び、ライダーシステムを奪われる。さらにホワイトパネルも狙われ、美空（高田夏帆）が人質として捕らわれてしまう。だが、美空を愛する一海と、そのカシラを支える三羽ガラスの赤羽（栄信）、青羽（芹澤興人）、黄羽（吉村卓也）は諦めることなく反撃を開始。美空を救出するには、唯一変身能力を奪われなかった一海が、強敵を超える“変身”を遂げるしかない。変身を実現するためのアイテムを創るには、三羽ガラスが持つ特殊な成分を抜き取る必要があったが、その実験は、彼らの命を奪う危険を孕んでいた……。