魔術師“マスター”と英霊“サーヴァント”が万能の願望機“聖杯”を巡って争う聖杯戦争。その戦いは歪んでいた。1人の少女・間桐桜（声：下屋則子）は、犯した罪と共に闇に溺れてしまった。桜を守ると誓った少年・衛宮士郎（声：杉山紀彰）は、遠坂凛（声：植田佳奈）と共闘し、聖杯戦争を終わらせるため、過酷な戦いに身を投じる。イリヤスフィール・フォン・アインツベルン（声：門脇舞以）は闘争の真実を知る者として、その運命と向き合い、間桐臓硯（声：津嘉山正種）は桜を利用し、自らの悲願を叶えようとする。激しい風に抗い、運命に挑む少年の願いは、少女に届くのか。終局を迎える聖杯戦争。最後の戦いが、遂に幕を開ける。