サメの大群を巻き込んだ巨大竜巻“シャークネード”との幾度もの戦いですべてを失い、悲しみに暮れるフィン(アイアン・ジーリング)の前に、未来から息子ギルがやって来る。平和なときを取り戻すため、フィンはギルの手配で時間旅行へと旅立つ。過去のあらゆる時代で発生したシャークネードを壊滅することが彼の使命だった。フィンは原始時代に到着し、元祖シャークネード1号と対峙する。狂暴な恐竜にも襲われ、絶体絶命のなか、死んだはずのノヴァ(キャシー・スケルボ)とブライアン(ジュダ・フリードランダー)が現れる。フィン同様ギルに救われた彼らも、再びシャークネードと戦っていたのだ。フィンたちは力を合わせてシャークネードに挑むが、時空を超えた戦いはまだまだ続くのだった……。