遥か昔、インドに栄えたマヒシュマティ王国。自らが伝説の英雄バーフバリの息子であることを知ったシヴドゥ（プラバース）は、父の家臣カッタッパ（サティヤラージ）から、裏切りによって命を絶たれ、王座を追われた父の悲劇を聞かされる……。かつて、カーラケーヤとの戦争に勝利を収め、国母シヴァガミから王位継承を託されたアマレンドラ・バーフバリ（プラバース二役）は、自らが治める国を視察するため、忠臣カッタッパと共に身分を隠して旅に出た。その途中、クンタナ王国の国王の妹デーヴァセーナ（アヌシュカ・シェッティ）と恋に落ちるアマレンドラ。だが、王位継承争いに敗れたバラーラデーヴァ（ラーナー・ダッグバーティ）が、アマレンドラとデーヴァセーナの仲を裂き、アマレンドラを王座から引き摺り下ろそうと邪悪な陰謀を企んでいた。やがて、王位を奪ったバラーラデーヴァは、アマレンドラと生まれたばかりのその息子を亡き者にしようとする……。父アマレンドラはなぜ殺されなければならなかったのか？母デーヴァセーナはなぜ25年もの間、鎖に繋がれていたのか？ すべてを知ったシヴドゥは、マヘンドラ・バーフバリを名乗り、暴君と化したバラーラデーヴァに戦いを挑む！