天正十年六月二日、京の本能寺。明智光秀が織田信長(山本耕史)を襲撃した“本能寺の変”に、時間遡行軍による歴史改変の魔の手が迫っていた。“燃える本能寺から信長を逃がして歴史を変える”というその計画を、刀剣男士たちは間一髪で阻止。ところが、無事任務を終えて帰還した彼らに届いたのは、“織田信長生存”の報だった。織田信長を暗殺して歴史を本来の姿に戻すため、再び過去へと出陣する刀剣男士たち。なぜ信長は生き延びたのか?事件の裏に見え隠れする怪しい影、そして、立て続けに歴史介入してくる時間遡行軍。三日月宗近(鈴木拡樹)は、彼らの本当の狙いに気付くが……。 正しい歴史とは何か。“守るべきもの”を守る戦いが今、始まる!