テキサス州ダラス国際空港に、英国の最高司令官であるバーン・ホワイト陸軍大将（エドワード・マルヘア）と女性で副官のツアラ少佐（パーシス・カンバータ）が降り立った。数時間後、2人は人気のない砂漠の真っ只中でダラス（マイケル・ベック）と名のる男に迎えられ、＜緊急機動軍団・メガフォース＞機密基地に案内された。ここでは、エース・ハンター（バリー・ボストウィック）の指揮のもと世界各国から集められたエリート戦士が、最新科学兵器を駆使して厳しい訓練に明け暮れていた。ホワイトは、アフリカにおける東側の侵略を阻止するために、＜メガ軍団＞の出動を依頼しにやってきたのだ。サハラ砂漠出撃の密令が下った。それは、アフリカ新興独立国間において、あらゆる陰謀をくわだて、各地で平和を撹乱しつつある東側のグエラ（ヘンリー・シルバ）が率いるゲリラ・タンク部隊の徹底的撃破指令だった。Ｃ-130大型輸送機ハーキュリーズに精鋭600名と最新兵器を搭載、一路アフリカへと出撃した。未明、タンク部隊近くの砂漠に降下、タック＝コム、メガ＝クルーザー、モト＝デストロイヤーなどの兵器が敵の寝込みを急襲、大損害をあたえた。しかし、敵将グエラは体勢をたてなおし巻き返しに出た。こうして＜メガ軍団＞とゲリラ・タンク部隊との間に、壮烈な科学兵器戦がくりひろげられ、サハラ砂漠は火の海と化した。しかし、機動力にとんだ＜メガ軍団＞は危機一髪のところで脱出に成功。再びＣ-130大型輸送機ハーキュリーズに戦士たちを乗せ、帰路についた。