アルファモンの出現から時は流れ、お台場の街は少しずつ復興が進んでいた。新たに仲間に加わった望月芽心（声：荒川美穂）とメイクーモン（声：森下由樹子）を歓迎するため、“選ばれし子どもたち”は近所の温泉テーマパークへ。楽しいひと時を過ごす一同だったが、そこに丈（声：池田純矢）の姿はなかった。大学受験という目の前の現実と、“選ばれし子どもたち”としての責任の間で“なぜまた、自分たちが戦わなければならないのか？”と煩悶する丈。そんな折、またしてもお台場に感染デジモンが現れる。それはあの誇り高きウィルス種のオーガモン。暴走するその姿をテレビ局のヘリコプターが中継する中、これに立ち向かうミミ（声：吉田仁美）とパルモン（声：山田きのこ）。しかし、光子郎（声：田村睦心）の制止を無視した戦いは、予想外の結果を招いてしまう。それぞれに悩みを抱える丈とミミ。月島総合高校の文化祭当日、そんな2人の前に、あの男が現れる……。