1997年、麻薬組織間の抗争が激しい近未来都市ロサンゼルスに、残忍無比なプレデターが再びやって来た。コロンビア人の麻薬組織を追うハリガン警部補（ダニー・グローヴァー）は同僚のダニー（ルーベン・ブラデス）、レオーナ（マリア・コンチータ・アロンソ）らと踏み込んだ先の現場で原因不明の惨劇の後を目撃するが、市警部長ハイネマンはＤＥＡ（連邦麻薬調査局）の領分だと言って調査の中止を命じ、新たに調査官キース（ゲイリー・ビジー）と、レオーナの相棒としてジェリー（ビル・パクストン）がやって来る。そんな時、麻薬王レイモンとジャマイカ人の抗争の現場で再び惨劇が起こる。駆けつけたハリガンらは唯一の生き残りのレイモンの愛人が「悪魔がやって来た」とつぶやくのを聞くが、すぐにキースらによって追い出されてしまう。キースの横暴な態度にハリガンは不信を強めるが、そんなさなか現場に戻ったダニーがプレデターに殺された。ジェリー、レオーナと共に復讐を誓ったハリガンはジャマイカ人の麻薬ボスであリブードゥ教の魔術師でもあるキング・ウィリーと会見するが、殺りく者は殺すことのできない相手だと告げられ、直後ウィリーはプレデターに殺される。そしてジェリーとレオーナもまた地下鉄車内で襲われた。駅の近くで黒い影を見つけたハリガンはその後を追うが途中で謎の男たちに捕まり、連行された先はキースの司令センター車だった。そこでハリガンはキースが10年前に南米で起こった事件の情報からプレデターの人間の体熱を感知する能力に対抗するハイテク兵器を開発していたことを知る。そしてキースらとプレデターの対決が始まるが、プレデターも進化していた。ついにキース1人が追いつめられた時、防弾チョッキを着たハリガンが駆けつける。キースが倒れた後、ハリガンは宇宙船の中でたくさんのプレデターと対面する。しかし彼らは古代から伝わる銃を残して去っていってしまうのだった。