手つかずの美しい海が残る玻璃ヶ浦で進められている海底鉱物資源開発計画の説明会に招かれた物理学者・湯川学(福山雅治)は、川畑夫妻(前田吟・風吹ジュン)が経営する旅館「緑岩荘」に滞在することになった。そこで湯川は一人の少年・恭平(山崎光)と出会う。恭平は親の仕事の都合で、夏休みの間、親戚である川畑家の旅館で過ごすことになったという。翌朝、堤防下の岩場で男性の変死体が発見された。男は旅館のもう一人の宿泊客・塚原。彼は元捜査一課の刑事で、服役後に消息を断ったある殺人事件の犯人を捜していたらしい。現地入りした捜査一課刑事・岸谷美砂(吉高由里子)は、さっそく湯川に協力を依頼。やがて、環境保護活動にのめりこむ旅館の一人娘・成実(杏)や、観光業がふるわず廃業を考えていたという川畑夫妻、そして恭平をも巻き込みながら、事件を巡る複雑な因縁が次第に明らかになっていく……。