キュゥべえ(声：加藤英美里)と契約し、魔法少女となったさやか(声：喜多村英梨)は、信念を貫き他人のために戦おうと決意するが、無茶な戦いに身を投じ、破滅へと向かっていく。雨の中、しめやかに行われたさやかの葬儀。うつろな目をして家に戻り、自分の部屋で一人悲しみに暮れるまどか(声：悠木碧)のもとに現れたのはキュゥべえだった。さやかたちの死について冷たい口調で語るその姿に、さすがのまどかも怒りを感じる。そんなまどかの態度が理解できないキュゥべえは、自分たちと人類がこれまで共に歩んできた歴史を語るのだった。やがて、最強の魔女“ワルプルギスの夜”に挑み、深手を負ったほむら(声：斎藤千和)の前にまどかが現れる。一つの願いを携えてついにキュゥべえと契約することを決意したまどか。魔法少女となる者の運命を全て知った彼女は、果たして何を願い、どんな決断を下すのか……。