ウイスコンシン州北部にある小さな町ホートン。突如、5万フィート上空を飛んでいたＢー52爆撃機が進路をはずれ、レーダーから消えた。そして、農夫ダン・ケスター（ロバート・イーストン）の農場に光る物体が大爆発音とともに墜落した。農場の近くにある航空物理研究所ではジェニー・ランガー博士（バーバラ・ヘイル）が異常を察知し、ヒューストンのＮＡＳＡに問い合わせると、ＮＡＳＡでも同様な異常をキャッチしておりロケット技師のジョー・バンス（スティーヴ・ブロディ）が、ランガー博士のもとに急ぎ来ることになった。翌朝、ケスターは農場に落ちた物体が夜の間に晶洞岩をそこら中にばらまいているのを発見し、その岩を割ると中からダイヤモンドの様な石が出てきて驚く。だが、この岩の中には小さなクモが宿しており、それが台所へ逃げ込んだのには気がつかなかった。そして、そのクモはケスター一家に気づかれることなく数を増し、急速に成長していった。バンス博士とランガー博士が放射能の正確な出所をつきとめようとしていた頃、ケスター農場で異常が起こった。ケスターの妻がタコ程の大きさのクモに襲われたのだ。またトスターもダイヤモンドを含む晶洞岩を掘ろうと畑に出かけるが、巨大に成長したクモに襲われた。そしてクモは町へと侵入し、人々と恐怖のどん底にたたきつけられた。その頃、2人の博士は、ケスターの農場の近くに、他の宇宙に通じる危険な通路である黒い穴があるに違いないという確信を持った。あの光る物体はこの穴を通って他の宇宙からやって来たのだ。博士は政府に進言して、この穴に中性子爆弾を撃ち込ませた。するとクモは血を流し、メラメラと燃え上り死んでいった。