“ともだち暦3年”と称される西暦2017年。殺人ウイルス散布計画の成功により、“ともだち”は“世界大統領”を名乗り、支配者として君臨していた。ウイルスの蔓延により聳え立つ壁で外界と分断された東京では、都民の行動は完全に制限。彼らに向かって、“ともだち”は呼びかける。“8月20日正午、人類は宇宙人に滅ぼされる。私を信じるものだけが救われる”と。“ともだち”の計画が着々と進行する一方で、かつてその陰謀を阻止しようとしたケンヂ（唐沢寿明）の仲間たちは、追跡を逃れ、身を潜めていた。だが、ケンヂは相変わらず生死不明のまま。反政府組織“ゲンジ一派”を率いるヨシツネ（香川照之）の元を離れたケンヂの姪カンナ（平愛梨）は、より過激化した“氷の女王一派”を組織し、武装蜂起を企てる。彼女の身を案じつつも、その暴走を止められずにいる母親代わりのユキジ（常盤貴子）。マルオ（石塚英彦）は、国民的歌手の春波夫（古田新太）と行動を共にするうちに、行方不明だったケンヂの姉キリコ（黒木瞳）の居場所を突き止める。そしてそこには、同窓会以降失踪していたケロヨン（宮迫博之）の姿があった。その頃、分断された壁の向こうでは、ある男が厳重警備の関所を越えようとしていた。ギターを抱え、“矢吹丈”と名乗るその男は“カンナに会いに行く”と呟く……。ケンヂは生きているのか？8月20日に“ともだち”が企てる最後の計画とは？そして、“ともだち”の正体とは……？