世界一のポケモンマスターを目指して旅を続けるサトシ（松本梨香）たち一行は、豊かな自然に囲まれた町ミチーナへやってくる。目指すは、巨大な岩山の上にある何千年も前の神殿の遺跡。そこで彼らは遺跡のまもりびとシーナ（北乃きい）と出会い、ミチーナに伝わる古い言い伝えを聞く。それは大昔、全てを生み出したと言われる幻のポケモン、アルセウス（美輪明宏）にまつわる物語だった。かつて、ミチーナに隕石衝突の危機が訪れたとき、体当たりで町を救ったのがアルセウス。だがその時、アルセウスは瀕死の重傷を負ってしまう。アルセウスの16個の命の源が、隕石の影響で失われてしまったためだった。それを見つけ出し、アルセウスを救ったのがダモス（高嶋政宏）という男。アルセウスはお礼に、命の源を使って作り出した“命の宝玉”をダモスに貸し与える。それは、荒れ果てたミチーナの町に緑を蘇らせ、豊かな土地にする力を持っていた。見事な復興を遂げるミチーナ。だが、約束の期限が来たとき、ダモスは命の宝玉を返す代わりに、ポケモンを使ってアルセウスに攻撃を加える。裏切られたアルセウスは“次に目覚めたときには人間に裁きを下す”と言い残して、激しい怒りを抱えたまま永い眠りにつく。そして今、ついにアルセウスが目覚めた。ダモスの子孫であるシーナは命の宝玉を差し出すが、人間を信用していないアルセウスは、それを踏み潰し、暴れ続ける。やがて、その攻撃がシーナに向けられた時、空間を切り裂いて二体のポケモンが現れる。空間を司るバルキアと時間を司るディアルガ。神と呼ばれるポケモンたちの壮絶なバトルが始まる。そして、アルセウスの怒りを鎮めるため、サトシたちは太古のミチーナへ時空を越える旅に出る……。