コマンド隊長ダッチ・シェイファー（アーノルド・シュワルツェネッガー）は、フィリップ将軍（Ｒ・Ｇ・アームストロング）に呼ばれ、困難な任務を命じられた。3人の閣僚を乗せたヘリが、中南米某国の国境を越えた地点で撃墜されたので、3人を救出してこいというのだ。かつての戦友で、今はＣＩＡ部員のディロン（カール・ウェザーズ）が同行する。コマンド隊は巨漢のプレイン（ジェシー・ヴェンチュラ）、彼と仲の良い黒人のマック（ビル・デューク）、ラテン系のラミレス（リチャード・チェイヴス）、アイルランド系のホーキンス（シェーン・ブラック）、インディアンのビリー（ソニー・ランダム）の5人。ジャングルでヘリの残骸を発見し、さらに奥へ進んだ一行は、皮をはがれ内臓をえぐり取られた4人のアメリカ兵の死体を見つける。ゲリラのアジトを発見し、奇襲をかけて全滅させた。そして、このミッションは重要文書を奪うためＫＧＢとＣＩＡが争い、ディロンはソ連側のゲリラ・キャンプを壊滅させるためコマンドを利用したことがわかった。一行はゲリラで1人生き残ったアンナ（エルピディア・キャリロ）をつれて合流地点へ急いだ。アンナが逃げ出し、追ってきたホーキンスを宇宙から飛来した半透明のプレデターが襲った。ついでブレイン、マック、ディロン、ビリー、ラミレスが倒された。迎えのヘリが来るはずの地点へアンナを先行させ、シェイファーはプレデターと対決した。どろまみれになった彼の姿を感知できぬことに気づき、シェイファーは罠をしかけ、プレデターを死闘の末に倒すのだった。