マフィアに汚染されたゴッサム・シティに、さらなる怪人が現れた。その名は、ジョーカー（ヒース・レジャー）。父から虐待を受けた彼は、快楽性犯罪者だった。銀行を襲って大金を奪ったジョーカーに、ゴッサム・シティの巨大企業の社長であり、バットマンでもあるウェイン（クリスチャン・ベール）は、ゴードン警部補（ゲイリー・オールドマン）と協力して、マフィアによるマネー・ロンダリングを摘発していく。ウェインをサポートするのは、執事のアルフレッド（マイケル・ケイン）とフォックス（モーガン・フリーマン）だった。そんなゴッサム・シティの新任検事ハービー（アーロン・エッカート）は、犯罪の撲滅と街の浄化を訴えて市民たちの支持を得ていく。ウェインとハービーは、検事補のレイチェル（マギー・ギレンホール）をめぐっての恋のライバルだが、お互いを認めあってもいた。一方、ジョーカーはマフィアのボスたちの会合に現れて、バットマンを倒すと豪語する。そして、マフィアの手先たちは警察当局の中にも紛れ込んでゆくのだった。警視総監を殺害したジョーカーは、バットマンが正体を明かさなければ市民をひとりずつ殺していくと予告する。一度は逮捕されたジョーカーだが、すぐに脱走すると、ハービーとレイチェルを監禁して同時に殺害しようとする。その場に現れたバットマンはハービーを救出するが、代わりにレイチェルが犠牲となった。その火災で顔面の半分が醜く爛れたハービーは、ジョーカーの魔の手にはまってダークサイドへと堕ちてゆく。レイチェルへの報復のため、次々と殺人を繰り返し、ゴードン警部補のファミリーを狙うハービー。ジョーカーを倒したバットマンは、そんなハービーの悲しみを理解しながらも対決する。その勝利のあと、ハービーの栄光を讃えてすべては自分の責任にして欲しいとゴードン警部補に告げて、暗黒の騎士は去っていった。