この世界の裏側にある鏡のような“反転世界”は、ギラティナの棲む特殊空間だった。しかし、ディアルガとパルキアの戦いにより、時間と空間がゆがんでしまい反転世界は障気という黒い雲に覆いつくされてしまった。自らの世界を汚され怒ったギラティナは、その原因を作ったディアルガを見つけ出し、反転世界へと引きずりこもうとする。一方、旅を続けるサトシ（松本梨香）とピカチュウ（大谷育江）たちの前に、小さな姿をしたポケモンが現れる。それは“花はこび”と呼ばれる習性を持つ、かんしゃポケモンのシェイミだった。ディアルガとギラティナのバトルに巻き込まれたシェイミは、間一髪のところで反転世界から脱出してきたのだ。サトシたちは、疲れきったシェイミをポケモンセンターへ連れて行く。そんなサトシたちにシェイミはテレパシーを使って、自分をグラシデアの花畑に連れて行くように告げるのだった。ポケモンセンターを出ようとするサトシたちの前に、シェイミを捕まえようとロケット団が現れる。と同時にオブジェの鏡面に次元の渦ができて、全員が反転世界へ引きずりこまれてしまう。サトシが次元の渦から抜け出し周りを見渡すと、そこには逆立ちしているような建物が並び、空にはところどころ黒い雲が漂う世界が広がっていた。そこへ突然、ギラティナが出現、シェイミに襲いかかってきた。サトシたちはギラティナに立ち向かおうとするが、ムゲン（山寺宏一）という学者がそれを止める。ムゲンの助けによってサトシたちはなんとか現実世界に戻ることができたが、今度はハイテク母艦“メガリバ”を操る謎の青年ゼロ（中村獅童）が現れる。ギラティナの力を利用して世界を支配しようと企むゼロの追跡をかわしながら、サトシたちはシェイミと共にグラシデアの花畑を探す旅を続けるのだった…。