遥か昔の言い伝えでは、闇に覆われた「ドン・クラーイ」という世界の3種の神器「金の矛」「銀の盾」「銅の鐸」が揃うとき、選ばれし勇者が出現し、世界に光をもたらすと言われていた。ある日、幼稚園児の野原しんのすけ（声：矢島晶子）と母みさえ（ならはしみき）はデパートに買い物に行く。しんのすけはみさえに、アクション仮面の新作おもちゃ「アクション・ソード」を買ってもらう。しかし家に帰ると、それはただの竹のものさしに変わっていた。別の日、しんのすけは幼稚園の帰り道、飼い犬シロにそっくりの黒い犬・クロに出会う。しんのすけはみさえと父ひろし（藤原啓治）を説得し、飼うことを許してもらう。シロとクロは、仲良く並んで暮らし始める。そのころ、闇の世界ドン・クラーイでは、ある計画が進行していた。選ばれし勇者に地球とドン・クラーイを繋ぐ「闇の扉」を開けさせ、地球を闇で支配するというものだ。ある夜、プリリンというナイス・バディな“おねいさん”がやってきて、しんのすけにお願いを聞いてほしいと頼む。デレデレとして、何でも聞いてしまうしんのすけだったが、実はしんのすけが選ばれし勇者で、このとき闇の扉を開いてしまったのだ。その日から、野原家の周囲に不幸なことが起こり始める。ひろしは昇進のチャンスを逃し、みさえはバーゲンの戦いに破れ、妹ひまわり（こおろぎさとみ）は夜泣きが激しくなる。それらはすべて、闇が侵食してきているせいだった。ある真夜中、しんのすけがトイレに立つと、マタと名乗る少年が現れる。彼は、勇者であるしんのすけを守るために来たという。そんな2人の前に敵が出現した。しんのすけは勇者としての自覚は持てずにいたが、マタの特殊能力「ヘンジル」の働きで、戦闘機や重機に変身し、次々と敵を倒していく。しかし彼らの前に強敵アセ・ダク・ダークが現れ……。