北アメリカ大陸中央部。ゴツゴツとした岩肌を見せる荒涼たる大地で、海竜の骨やサメの歯などの化石が次々と発見される。海から遥かに隔てられたこの地に、なぜそれらは眠っていたのか…。2億5000万年前、陸に生息していた爬虫類の一部が海へ入り、新たな進化の道を歩み始めた。時代は下り、今から8200万年前、白亜紀後期と呼ばれるこの頃、地上では恐竜の時代が終わりを告げようとしていた。だが、海中では数々の生物たちが生き残りをかけて激しい戦いを繰り広げていたのだった。それは、最強の海竜たちが全盛を極めていた時代でもあった。長い年月をかけて上昇と下降を繰り返す海面、ゆっくりと移動を続ける大陸。陸地と海、その全てが現在とは違っており、北アメリカ大陸の中央には海が広がり、2つの陸地がその周りを取り囲んでいた。そんな“内海”という環境は、海竜にとって最高の棲みかであったのだ。ある日、その内海の浅瀬で海竜“ドリコリンコプス”の兄妹が誕生する。やがて彼らは成長し、安全な浅瀬から魚やイカなどのエサを求めて内海へと旅立っていく。しかし、そこには多くの敵が待ち構えていた。体長12メートルに及ぶ獰猛な“ティロサウルス”、不気味な顔を持つ怪魚“シファクティヌス”、サメの祖先とされる“クレトキシリナ”…。“ドリコリンコプス”兄妹のサバイバル競争がいま始まった……。