1958年、スコットランドのエディンバラ。貧困地区に母と暮らす少年ユアン（オリバー・ゴールディング）は、警察官ジョン・グレイのテリア犬ボビー（ボビー）と大の仲良し。しかし病に倒れたグレイはユアンに偉人伝を渡し、この中のひとりのようになってほしいと、グレイは別れの言葉を残す。深い悲しみに暮れるボビーは、主人の眠る教会の墓地に忍び込み、そこで暮らすようになる。この教会を受け持つリー牧師（グレッグ・ワイズ）は、貧困地区復興を説く解放的な考え方の持ち主。しかしリー牧師を目の敵にする地元の資本家、スミシー（ショーン・パートウィー）と、孤児院の理事ジョンソンは墓地に佇むボビーの存在を訝しく思っている。ある夜、貧困地区の家屋が突然崩壊してしまう。がれきに埋もれたユアンはボビーに助け出されるものの、母親は死に、彼は孤児となる。そのままジョンソンが経営する孤児院に引き取られ労働を強いられるユアン。一方、ボビーは懸命の探索の末、ユアンの居場所をつきとめる。ユアンはボビーの協力を得て孤児院からの脱出を成功させる。その頃、街では登録犬制度が施行されはじめていた。ジョンソンとスミシーは、ボビーを未登録犬として通報。ボビーは捕獲され動物収容所に入れられてしまう。ボビーに対する判決は、正午に法廷で検討されることになった。ユアンは大胆にも市長チャンバース（クリストファー・リー）の執務室に侵入し、必死で助けを乞う。そして、今まさにボビーの判決が下ろうとしていたとき、ボビーを連れたチェンバースが法廷に現れる。ボビーは市が運営する教会に住む犬であり、ボビーは市長彼自身の犬だと、チェンバースは主張。しかし、その論法は有効でないと裁判官に判断されてしまう。もはやボビーを助ける手段はないのか。聴衆席にいたユアンにあるアイディアがひらめく。それは、かつてボビーの主人グレイにもらった偉人伝からヒントを得た妙案だった……。