千葉敦子（林原めぐみ）は研究所に勤める若きサイコ・セラピスト。敦子は時折、所長の島寅太郎（堀勝之進）から極秘の依頼を受け、開発されたサイコセラピー機器を用いてクライアントの治療を行うことがある。そんな時、敦子は少女「パプリカ」に変身する。それは他人の夢の中に入り込み、心の秘密を探り出す”夢探偵”のコードネームだ。そんな敦子の同僚・時田浩作（古谷徹）が頭部に装着して眠るだけで、機器を使用している者同士が同じ夢を共有できるというモバイルユニット”ＤＣミニ”を考案する。だがＤＣミニは悪用されれば他人の人格を破壊することもできるという危険な側面も持っている。悪夢は、ＤＣミニのサンプル3機が盗まれるという事件からはじまった。開発者として責任を感じた時田は、手がかりを得ようと、自らＤＣミニを装着して疑わしい人物の夢にアクセスするが、逆に夢の中に取り込まれてしまう。時田を救うため、そして真犯人をつきとめるため、敦子はパプリカとなって出動した！ だがそれは邪悪な者たちが支配する、罠に満ちた危険きわまりない夢である。敵が思いのままに操る世界で、パプリカはどう戦うのだろうか！？