氷原地帯で繰り広げられた宇宙からやって来たポケモン“デオキシス”とオゾン層に住むポケモン“レックウザ”の壮絶なバトルから4年、コンピュータ制御されたハイテクの街“ラルースシティ”にあるロンド博士の研究所では、デオキシスが残した結晶体の解析が進められていた。同じ頃、街を訪れていたサトシとピカチュウたちは、博士の息子でポケモンが苦手な少年・トオイやポケモンマスターを目指すリュウたちと交流を深めていたが、そんな中、氷海に沈んでいたデオキシスが飛来。ラルースシティの機能を止めてしまったばかりか、デオキシスを追って来たレックウザと再び一戦を交えた。このままでは、街が破壊されてしまう！その時、デオキシスが結晶体の中の仲間を助けに来たことに気づいたサトシたちは、そこからもう一体のデオキシスを再生させると、仲間のもとへ連れて行ってやる。こうして、事態は収まったかに見えたが、今度はラルースシティの安全を守る筈のブロックロボットが暴走を始め、街を飲み込んでいった。しかし、サトシやピカチュウ、そしてトオイの活躍で街の危機は救われ、サトシたちはポケモンマスターを目指す旅を続けるべく街を後にする。