劇場版　ポケットモンスター　水の都の護神ラティアスとラティオス

水の都を舞台に、ポケモンマスターを目指すサトシとその相棒・ピカチュウが繰り広げる冒険を描いた長篇アニメーションのシリーズ第5作。監督は「PIKACHU THE MOVIE 2001　ピカチュウのドキドキかくれんぼ」の湯山邦彦。田尻智による原案を基に、「劇場版 ポケットモンスター　セレビィ 時を超えた遭遇」の園田英樹が脚本を執筆。撮影監督に「犬夜叉　時代を越える想い」の白井久男があたっている。声の出演に「～セレビィ 時を超えた遭遇」の松本梨香、「名探偵コナン　ベイカー街の亡霊」の大谷育江、「シックス・エンジェルズ」の折笠富美子ら。また、ゲストとして「ナースのお仕事　ザ・ムービー」の神田うの、「修羅雪姫」の釈由美子、グッチ裕三らが参加している。

水の都・アルトマーレにやって来たサトシとピカチュウたちは、町の護神で、秘密の庭に隠されたこころのしずくと呼ばれる宝石を守っているラティオスとラティアスと言う伝説の兄妹ポケモンに出会う。ところが、その宝石を狙ってザンナーとリオンの姉妹盗賊が秘密の庭に侵入。こころのしずくを盗み、太陽の塔に設置された古代マシーンを使って強大なパワーを得ようとする。だが、悪しき心に触れたマシーンは暴走を始め、町は水没の危機に。しかし、ラティアスとラティオス、そしてサトシ、ピカチュウらの活躍によってそれは阻止され、その戦いで傷つき天に召されたラティオスも、新たなこころのしずくとなって秘密の庭に戻って来るのであった。こうして、町は平和を取り戻し、サトシたちは新たな冒険へと旅立って行く。