近未来。誰もが脊髄にバイオポートなる穴を開け、そこにゲームポッド(=コントローラー)を接続して仮想現実ゲームを楽しんでいた。新作ゲーム「イグジステンズ」の発表会場で、カリスマ的な天才ゲームデザイナー、アレグラ(ジェニファー・ジェイソン・リー)が突然銃撃され、警備員のテッド(ジュード・ロウ)は彼女を連れて逃亡。事件の背後には会社もからんだ陰謀があるらしい。真相を探るべく、アレグラの友人ビヌカー(イアン・ホルム)の助けを受けてゲームのなかに身を投じるふたり。いかがわしいゲームショップ、ニジマスの養殖場を利用したゲームポッド工場、突然変異した両生類が出される中華料理店等々、各所をめぐるたび、ふたりの前に「反イグジステンズ主義者」が現れる。誰が敵か味方か分からない混乱の果て、ゴールで思いがけない真相にふたりは直面するが、これら全てはゲームの中の世界で起こったこと。現実世界に戻っても、彼らの戦いはまだ終わらないのであった……。