江戸の町の片隅で、鳥籠作りの内職をしながらひっそりと暮らす浪人・山村只次郎は、大阪時代に名うての刺客だった腕を見込まれ、南町奉行所の牢屋見回り方与力・白鳥右京の下で、奉行所でも裁けない悪人を陰で成敗する闇の始末人として働くよう仕向けられた。始末人となった彼は、やはり右京の下で働くお駒の指示で、北町奉行・黒沢河内守を首尾良く暗殺してみせる。その頃、町では紙問屋・亀甲屋に逆恨みした同業の井筒屋の放蕩息子・千太郎が、亀甲屋に火を放つという事件が起きていた。千太郎の罪を知った両親は、家屋敷などの財産の全てと店の看板を亀甲屋に譲れば息子の命は助けてやるという右京の言葉を信じ、証文に署名して自害する。だが、千太郎は拷問を受けて命を落としてしまった。その後すぐ、主人と跡取りを失った井筒屋の看板が、亀甲屋のそれに変えられた。このことに疑念を抱いた差し入れ屋・地蔵屋の女将・おとらは、それが亀甲屋と右京の企みであったことを探り当てる。ライバルである井筒屋の暖簾を奪い経営拡大を狙いたい亀甲屋は、自らの家に火を放ちそれを千太郎の仕業に見せかけることによって、まんまと井筒屋の乗っ取りを成功させたのだ。その悪事の黒幕が右京である。おとらによって、黒沢を消した自分もその計画の片棒を担がされていたのだと知った只太郎は怒りを爆発させ、始末人仲間のかもめとリュウとともに、井筒屋一家と右京に殺された、実はリュウの母親だったお駒の仇をとることを誓い、見事右京を討った。その後、始末人たちは元締めになったおとらの下で働くことになる。