高校の生物教師・まりは恋人の保と喧嘩をした夜、気持ちを鎮める為、愛犬を連れて豊平川の河川敷に散歩に出掛けた。そこでおかしな格好をした男と出会ったまりは、自分は津軽藩の侍だと言い張るその男に驚きながらも、家に連れ帰ってしまう。小弥太と名乗る彼は、寛文10年の北海道で起こったシャクシャインの乱によってアイヌへ追われてしまい、どうしても故郷へ帰りたい一心で、仲秋の満月の夜、老婆に1年間だけ帰れるまじないをかけてもらい、間違ってこの時代にたどり着いた事を、まりと祖母の貞子に話す。初めは小弥太の話などには取り合わず、御機嫌斜めなまりだったが、彼の振る舞いや態度から、次第に小弥太の立場を理解するようになり、行動を共にするうちにまりは小弥太に恋心を抱くようになる。また、小弥太もまりを愛するようになるが、妻子持ちの彼は、その愛に悩み始めるのだった。そんなある日、小弥太の正体に不審を抱いたまりの兄・直樹が彼を利用しようとした事から、二人はマスコミに追い回されるはめになってしまい、小弥太はひとり古い温泉場に身を隠すことになる。そのほとぼりも冷め、学校が夏休みに入ったまりは、五ヵ月振りに小弥太と再会、二人は祭りでにぎわう小弥太の故郷・弘前を訪れる。そして、二人の思いは益々つのり、愛の炎が燃え上がるが、最初で最後の夏は短く、小弥太が江戸時代に帰らなくてはならない仲秋の満月の日は刻々と近づいていた。最後の夜、国宝として城に飾られてた小弥太の刀を取り返すべく、城に忍び込み素敵な冒険を繰り広げる二人。刀を取り戻した小弥太は、まりを残して、ひとり江戸時代へと帰っていくのだった。