三代将軍家光の頃。徳川の運命を左右し、ひいては朝廷の安泰をも脅かす大事を秘めてあるという柳生武芸帳をめぐって、柳生一門と肥前の兵法者山田浮月斎の間には激しい争奪の死闘が繰返されていた。更にまた、永井家の隠し娘清姫を頭領とする虚無僧の一団も武芸帳を狙っていた。師浮月斎の命をうけて武芸帳探索を続ける千四郎は、清姫が柳生十兵衛の一味に襲われ、崖から落ちて気絶しているのを救ってから、彼女の美しさに心惹かれるようになっていた。が、共に武芸帳を探す身の使命から、相対立した立場は二人の心を容易に結ばせなかった。一方、相模川の畔にささやかな住居を営み、忍者の使命を捨て武芸帳を追う野心を捨てた千四郎の兄、多三郎は夕姫と楽しい生活を送っていた。だが二人の幸せも束の間、十兵衛に不意を襲われ夕姫が斬られた。多三郎は彼を追って旅に出た。十兵衛が但馬守の命を受けて、江戸から尾張の兵庫介の許に武芸帳を密送することを知った千四郎も、尾張へ向った。兵庫介の邸には、十兵衛のほかに、武芸帳を追う政争に不信を抱いて江戸を出奔した又十郎も身を寄せていた。千四郎は十兵衛に果し状を送り、各々の所持する武芸帳一巻を賭けて、二人は三本杉で雌雄を決することとなった。それを聞いた多三郎も三本杉に馬を走らせた。また浮月斎もこの機に一挙に武芸帳をわが手にせんものと決戦場へ急いでいた。夜の道を勝負の場へ急ぐ千四郎の後から何者かが斬りかかった。抜き打ちに斬り落したその曲者、抱き上げると清姫だった。裏切りを責められ、使命よりも恋に生きる女心から、千四郎の種を宿したままその手に斬られたのだ。千四郎と十兵衛は対決した。十兵衛が倒れた時、柳生一門が千四郎に襲いかかった。そこへ、多三郎がかけつけ、千四郎を抱えると血路を開いて逃げのびた。多三郎は千四郎の耳もとで、「死ぬな千四郎！」と必死に叫ぶのだった。