怪星人の魔力によって亮、次郎、典子の三人はカピアの魔城に連れ去られた。先に監禁されていた深見博士は、研究中の新兵器の秘密を白状しないと子供達の命をもらうと責められていた。こんな時、亮はスーパー・ジャイアンツの言葉を思い出し、救いを求めようと彼にもらった不思議な玉を怪星人に投げつけた。すると怪星人はバッタリ倒れ、どこからかジャイアンツが現れた。形勢不利になった怪人たちは湖中に姿を消してしまい、一陣の白煙とともに魔城は跡形もなくなった。ジャイアンツは博士と子供たちを救い出して大空に飛び去った。地球防衛のために設けられた秘密工場では政府の要人や科学者たちが、奇病の対策と、新兵器の製造について重要会議を開いていたが、一方怪星人たちも秘密工場の攻撃を策していた。数日後、典子が留守番している時、兄の雄一が火傷を負い、看護婦に付添われて運ばれて来た。実は怪星人が変装していたのだ。正体を現した一人は妖婆となって典子を追いかけるが、たまたま浅山邸で酸素ボンベから洩れた酸素にふれると、ひどく苦悶して溶けてしまった。意外の結果はただちに秘密工場に報らされ、科学者たちは新兵器として強力な酸素銃の製造にとりかかった。また医者たちも奇病の原因をつきとめてワクチンＵＶ35の大量生産にかかっていた。スーパー・ジャイアンツの妨害のため地球侵略に失敗した惑星カピアでは第二次攻撃の策略をしていた。魔術師の力で地球の運行を停止させ、その間にジャイアンツを亡き者にしようと云うのだ。翌日から地球ではあらゆる物の運行が止まり始める異変が起った。カピアからは無条件降伏を勧告してきた。スーパー・ジャイアンツは使者としてカピアに赴いた。正義のジャイアンツの前にはカピア人は敵でなかった。地球に再び平和が訪れた。