幕末、弘化元年。三島神社の武道奉納試合に家伝の名刀、火焔剣の真偽を試すべく道中を続ける江戸の剣客、大坪左源太は、幕府隠密刺客団、黒手組副隊長の仙藤鬼十郎一味に襲われた。一味の女賊お竜の吹矢に左源太は倒れるが、時に現れたのは源氏九郎と名乗る白づくめの美剣士。忽ち一味を撃退した九郎は左源太瀕死の頼みに、火焔剣をもって奉納試合へと行く。その頃、勤皇革新派の桜小路忠房と頼三樹三郎の一行も同じ火焔剣を追って道を進んでいたが、途中で左源太の死にあい、絶望。しかし九郎の美しさに立去りかねていたお竜から、火焔剣の行方を知る。一方、これも火焔剣と称せられる刀を持った備前邑久藩の早川要之進も試合の場へ急いでいたが、彼の後を追った許婚者織江は道中人足に騙され、危いところを源氏九郎に救われる。が九郎の持つ同じ火焔剣に織江は驚く。三島神社の試合は要之進の負けで終ったが折も折、宝物殿から水煙剣が盗まれた。奪ったのは磐城屋仁兵衛という盗賊と、その片腕狐小僧の二人だが、彼らは、その昔、義経の後見者、金売吉次の墓を暴いて古文書を発見、火焔、水煙両剣に刻まれた謎を解けば義経が残した財宝の所在が解ると知っていたのだ。ところが江戸へ帰って調べると、彼らの水煙剣は偽物と分った。仁兵衛は奉納試合の主催者、老中多田信濃守が盗んだと睨む。一方、桜小路も、朝廷の古文書で両剣の謎を知り、その財宝を倒幕の軍資金にしようと、九郎を追っていたのだが、ここに織江も許婚者の仇と九郎を狙っていた。しかし藤沢の寺で要之進の供養を営む九郎の姿に、心は妖しく狂った。江戸に入った九郎は、相変らず桜小路、仁兵衛、織江から狙われるが、そのうちお竜は九郎に魅かれ、仙藤を裏切って真の水煙剣を老中多田から奪ってくれる。が多田を狙う仁兵衛と鉢合せで水煙剣は横取りされる。仁兵衛は更に火焔剣を奪おうと娘お妙を使って九郎に毒酒を飲ませるが、お妙が九郎をかはったため遂に乱闘。一方、水煙剣を奪われた多田の支配する黒手組、はては桜小路一行らも、この機に両剣を奪おうと押寄せ、彼我入乱れての激戦。そのうち乱闘に巻込まれた織江も今は、すべてを九郎の味方になって、九郎を取り囲む敵の前に健気にも立ちはだかった。そのため彼女は斬られたが、九郎は遂に水煙剣を手に握ることができた。織江の、なきがらを抱き慟哭する源氏九郎こそ、九郎判官義経の末裔にほかならなかった。