戦国時代、信州の豪族尾形家は五十嵐典膳、生島現藤太ら側臣の裏切りで更科弾正に滅され一子太郎丸のみ妙香山の仙覚道人に救われて、その後消息を断つ。歳月は移り、今は成人した太郎丸は道人から自在の忍術を習得、尾形宗久と名も改め、父母の仇を追い妙香山を降りる。彼は先ず、信州佐久の地頭に成り上っていた現藤太を、陣屋に忍びこんで見事斬り捨てる。次の目標は美濃黒田の領主に納まる典膳。だが、これは失敗し、典膳は将軍守護職にある弾正の救いを求めて京へ上る。後を追う宗久は途中、妖術を使う二人の人物に出会う。一人は、かつて弾正に滅ぼされた豪族の娘綱手姫、今一人は蛇の化身と豪語する大蛇丸である。秘術を傾け合っての忍術比べの後、宗久は大津にさし掛った折、弾正の側室にされようとする深雪姫を救い、京へ。だが警戒は厳重。北野神社に参詣する弾正の駕籠を襲った宗久は、大蛇丸の邪魔だてで逆に弾正の一隊に包囲。大蛇丸は、さらに宗久の身を案じる綱手を我がものにと迫るが宗久の出現で逃れ去る。宗久は大蛇丸の注進で押し寄せた弾正一味に自から捕われ、その館へ入る。綱手も紅蜘蛛に化身して乗込むが大蛇丸に見破られ絶体絶命。その時、縄抜けした宗久は妖術で大蛇丸を倒し、綱手を助けて典膳と弾正も討ち取る。後に残るは“自来也”の三字のみ。