一時は平和な生活を得た五右衛門とマキも、信長の執拗な忍者狩りに追いつめられ愛児を火中に失った。かくて復讐の鬼と化した五右衛門は信長暗殺の期をうかがうべく、マキの故郷の雑賀に身をかくし、土地の郷士鈴木孫一を頭とする反信長の雑賀党に参加し忍者復活を宣言した。そこに服部半蔵が家康の使者として来て、信長を倒すには秀吉に追い越されて焦っている明智光秀を利用することを教えた。忍者五右衛門はただちに光秀に近づき裏面工作に力を尽し光秀を家康饗応の役目から失脚させついにその怒を爆発させた。かくて光秀は信長を本能寺に襲撃し、五右衛門は信長を燃えさかる火中に虐殺した。信長の死により天下の形勢は一変、中国地方より取って返した秀吉は、またたく間に光秀を攻略、ついで長い間の禍のもとである雑賀党を全滅すべく兵をさしむけた。さすがの雑賀党も授軍を求めに出た五右衛門一人を残して全員討死、妻マキも銃をにぎって息絶えていた。やり場のない怒りをかかえた五右衛門の所にまたも半蔵が現われ、家康からの引出物と称して秀吉の住む聚楽第の見取図を置いて行った。これを手にした忍者五右衛門は、巧みに聚楽第に忍び込んだが、さすがの五右衛門も廊下の鴬張りには気が付かず秀吉暗殺の目的をはたさずに捕えられてしまった。秀吉は彼を見せしめのためと称して、三条川原において釜煎りの極刑に処した。一人の忍者が天下を動かす時代はすぎた。陰で笑うのは家康であった。