三百万年前、地殻変動により、海底へ沈下したとされるムー大陸は、今もなおシートピア王国として海底に存在していた。しかし、三百万年にも渡る海底王国の平和も、今では地上人の無謀な核実験によって壊滅の危機に瀕していた。海底人は平和を守るために、地上人を撃滅すべく、シートピア王国の守護神“メガロ”を地上へと派遣した。だが、メガロを誘導するためには、伊吹吾郎が発明した電子ロボット“ジェット・ジャガー”が必要だった。海底人たちはジャガーを奪い、その誘導によってメガロは次々と日本を破壊していった。しかし、ここに以外なことが起った。ジャガーにとりつけられていた良心回路が作用して、等身大の大きさでしかなかったのが、メガロと同等の大きさになったのである。ジャガーとメガロの息づまる闘いが始まった。一方メガロの誘導が不可能となった海底人たちは、急ぎＭ宇宙ハンター星雲からガイガンを呼びよせた。ピンチになったジャガー。その時、遠く怪獣島から、日本へまっしぐらに駆けつける怪獣がいた。ゴジラである。ゴジラは口に電信柱をつまようじのようにくわえ、小脇に大木をかかえていた。ジャガーの危機を知ってかけつけたのだ。ゴジラとジャガー対メガロとガイガンによる凄絶な闘い、しかし、激闘数十時間の末、メガロ、ガイガンは敗れた。勝ったゴジラはジャガーと握手をして、怪獣島へと戻っていった。一方、ジャガーは、みるみる等身大のもとの大きさに戻ると伊吹のもとへ帰っていった。