八月十四日午前一時、盛岡市郊外。不審なトラックを追っていたパトカーが機関銃の乱射を受けて炎上、トラックは東京方面に走り去った。八月十五日午前十時半、鹿児島。陸上自衛隊、警務部長の江見は郷里で亡妻の墓参中、内閣情報室長の利倉からの連絡で、盛岡のパトカー炎上事件を知った。そして、自衛隊内外の不穏分子を列記したリストに昔の部下で、今は一人娘、杏子の夫である藤崎の名を発見して愕然とする。帰京の途中、杏子の往む博多に立ち寄るが、杏子は、藤崎が運送業に打ち込んでいることを告げる。だが、江見が去った後、夫から東京に行くという手紙が届いた。同日午後六時半、博多駅。業界紙の記者、石森は取材を終え、帰郷すべく、「さくら号」を博多駅で待っていると時ホームを駆ける杏子の姿を見かけた。思いがけない再会、かつて二人は結婚を誓い合った仲なのだ。二人を乗せたブルートレインは静かにすべり出す。同日、東京首相官邸。佐林総理を囲んで緊急会議が開かれていた。大規模なクーデター発生の可能性を報告する利倉。自衛隊の軍隊化をめぐり、日本最大の黒幕、大畑との対立が再燃した。同日午後八時一分、門司。石森は列車の下に動く怪しい男の影を発見。同日午後八時十五分、下関。石森の要請で、車輪係員が列車を点検したが、危険物は発見されなかった。その直後、石森と杏子は一号車に連行され、そこに藤崎の姿を見た。杏子の不安が的中したのだ。同日午後九時、東京。内閣情報室の分析でクーデターの黒幕として大畑の名が浮かび、そこに繋がる危険人物として真野陸将の名も上がった。江見は真野を逮捕して拷問を加えるが、真野は舌を噛み切って果てた。しかし江見は、真野の乗用車の天井からクーデターの暗号計画書“皇帝のいない八月”を発見、全てのプランを把握した。佐林首相は各方面部隊に鎮圧作戦を命令し、クーデター部隊に先制攻撃を加えた。同日午後九時五十分、「さくら号」。一斎蜂起の失敗を無線で確認した藤崎は「さくら号」制圧作戦に切替えた。各車輛にＭ爆弾が仕掛けられた。無線で「大畑を出せ！」と政府に迫る藤崎。しかし、大畑の姿は忽然と東京から消えた。この緊急事態に佐林、利倉ら政府首脳、江見ら警務部隊、国鉄関係者はどう対処して行くか！乗客三百六十人を乗せたブルートレインは、走る爆弾と化して一路東京へ闇の中を突っ走る……。