コナン（声：高山みなみ）と蘭（声：山崎和佳奈）・園子（声：松井菜桜子）・小五郎（声：小山力也）は、バイクの祭典・神奈川モーターサイクルフェスティバルが開催される横浜・みなとみらいに、バイク好きの世良真純（声：日髙のり子）と向かっていたところ、暴走する謎の黒いバイクがコナンたちを乗せた車を飛び越えていき、蘭がいつか見た“風の女神様”神奈川県警交通機動隊の萩原千速（声：沢城みゆき）がそれを追っていった。激しいカーチェイスの末に千速のバイクは大破し、あと一歩のところで取り逃がしてしまう。その後、コナンたちが横浜のフェス会場に到着すると、ある最新技術を搭載した白バイ・エンジェルのお披露目が行われていた。そんな中、暴走した黒いバイクが今度は都内に出現し、警視庁の追跡をも振り切ったという情報が。目的不明な暴走だが、その車体がエンジェルに酷似していること分かり、黒いエンジェル“ルシファー”と呼び、追跡を続ける。弟の萩原研二（声：三木眞一郎）とその同期・松田陣平（声：神奈延年）との記憶が脳裏によぎる千速。風の女神（エンジェル）VS 黒き堕天使（ルシファー）の、旋風巻き起こすバトルが始まる。